Dopo la fine della grande guerra, l’isola risulta divisa tra tre Ministeri: Ministero della Marina, per i fari di Punta Scorno e della Reale; Ministero della Sanità, dalla Stazione Sanitaria Marittima della Reale a Trabuccato; Ministero di Grazia e Giustizia, tutto il restante territorio, utilizzato come casa di lavoro all’aperto. In quegli anni venne istituito il primo servizio di posta, effettuato con una barca a vela latina, il Postalino.
Negli anni dopo la campagna di Etiopia, tra il 1937 e il 1939, furono deportati all’Asinara centinaia di confinati etiopi, per essere sottoposti a “osservazione e bonifica sanitaria”. Tra essi anche la figlia del Negus Ailè Selassiè, che morì poco dopo a Torino, dopo aver perduto il figlioletto proprio all’Asinara. E’ sempre di quel periodo la costruzione di fortini e postazioni antisbarco, tuttora visibili in tutta l’isola.
Nella seconda guerra mondiale, l’Asinara non fu direttamente coinvolta in alcuna azione bellica, anche se non mancarono episodi rilevanti, come l’affondamento della corazzata italiana Roma avvenuto al largo di Punta Scorno esattamente il giorno dopo l’armistizio. In quegli anni cessa l’attività della Stazione Sanitaria, che viene in parte destinata ad ospitare persone in soggiorno obbligato per sospetto di mafia.
Dopo la seconda guerra mondiale l’amministrazione carceraria riprese il controllo dell’isola, con la colonia agricola impegnata nella coltivazione di cereali, ortaggi e vigneti e con l’allevamento di bestiame. E’ degli anni ’60 la costruzione di importanti opere e infrastrutture, quali bacini artificiali e interventi portuali.
Si arriva così alla metà degli anni ’70, quando una diramazione del carcere fu destinata a detenuti di particolare pericolosità. Erano questi gli “anni di piombo”, quelli in cui il fenomeno del terrorismo rappresentava un pericolo per lo Stato. In particolare l’art.90 del Nuovo Ordinamento carcerario del 1975 destinava un particolare trattamento ai terroristi reclusi, che durò sino alla sua revoca nel 1984. Soggiornarono allora nel supercarcere di Fornelli i maggiori esponenti del gruppo terroristico delle Brigate Rosse, quali Renato Curcio e Alberto Franceschini, oltre a una nutrita rappresentanza di detenuti appartenenti all’Anonima Sarda.